香港民航处2016年11月14日正式启用新空管系统后事故不绝，29日又有故障，民航处处长李天柱证实，中午约1时，新系统有26秒未能显示资料例如航班的呼号及速度，但雷达仍可显示航机位置及飞行高度，为安全起见所以暂停离境航班15分钟，总共有9班航班受影响，至于为何离境航班受影响，民航处未有解释。
民航处处长李天柱说，初步发现问题源自航班数据处理器系统在处理航班资料存档时出问题，自动将资料存放在备用航班数据处理器，但两个处理器其后同步数据时未能与雷达资料配对，使系统未能显示部分航班资料。他认为系统表现不理想，已要求系统供应商--雷神公司高层亲自到香港跟进，并在48小时内提交报告，及提出解决方案。
李天柱强调，29日事故只是主系统其中一个子系统出现情况而自动转用备用系统，重申航空安全没有受到影响。然而，本身为民航客机飞行员的立法会议员谭文豪指出，新系统未能显示飞机飞行速度对航空安全构成危险，因空管人员不知飞机与飞机之间能否保持安全距离，唯一方法是需限制每架飞机的飞行速度，以防追撞。他认为，民航处暂停飞机起飞15分钟的做法可取，反映置航空安全于首位。
至于新系统未能显示飞机的呼号代码，谭文豪表示，这会令空管人员难以分辨航班，认为民航处须披露事发时，系统荧幕有否显示飞机上的对答器编号，若有，空管人员只需多做一重功夫，便能联络相关客机。被追问旧系统是否比新系统更稳定可靠，会否转回使用旧系统时，李天柱没有直接回答，只表示旧系统已运作十多年，强调启用旧系统与否会按既定程序。（来源：《香港经济日报》）
