南航2017年5月10日披露了南航集团、南航股份公司两级机关整合的重大实质性进展，南航机关部门总数由之前的36个压减到20个，实现集团、股份两级机关的一体化办公、一体化运行、一体化管理，整合后的机关对外沟通联络上级政府机关部门，履行沟通、联络、协调职能;对内统管集团各成员企业以及股份各二级单位，履行服务、指导、督办职能。
此次整合撤销的部门主要有南航集团重点项目办公室、南航集团资本运营部、南航股份战略转型办，重组设立组织人事部、人力资源部、宣传部;新设立综合业绩考核部和国际合作部。整合后的20个机关部门分别为办公厅、董秘局、战略规划投资部、组织人事部(党组办公室)、人力资源部、财务部、综合业绩考核部、安全监察部、飞行管理部、法律标准部、产品服务管理部、国际合作部、政策研究室、审计部、监察局(纪检组办公室)、宣传部、工会办公室、总务部、航空卫生管理部、总值班经理室。
南航方面表示，两级机关整合是贯彻落实中央和国资委的相关会议精神和工作部署，重点解决两级机关存在的机构重叠、业务重合、工作重复等问题，优化公司治理结构，压缩管理层级，完善管控模式，打造机构精简、执行力强、管理高效、形象阳光的一流机关。
南航集团旗下拥有南航股份、南航文化传媒、南航财务、南航地勤、深圳航食、珠海摩天宇、南航物业、南龙控股、大连疗养院等成员企业，南航股份旗下则有15个分公司、4个基地、24个国内营业部、65个国外办事处、16个控股子公司、13个联营及参股公司、4个合营公司。
