9月6日下午至傍晚，今年第11号超强台风“摩羯”先后在海南文昌市、广东徐闻县登陆，造成严重灾害。面对“摩羯”，东航全力保障旅客出行安全。
台风“摩羯”及其带来的螺旋雨带，在6日全天至7日上午对海南、粤西及珠三角部分机场运行造成影响。东航针对次日天气环境和运行限制提前研判，对受影响的航班提前取消。此外，由于广州、深圳等机场可能受台风外围风雨影响，东航也提前做好了各项准备工作，提前做好机组派遣、加强机组力量搭配，针对雷雨天气旅客上下机、空中颠簸等做好应对预案，并做好机坪设施设备的系留工作。
此次受台风“摩羯”影响最大的机场包括湛江、海口、三亚、博鳌等。5日晚至6日，四座机场停止起落，飞机离港避风。东航工作人员提前为受影响旅客提供退改签方案。在白云机场和深圳机场，东航通过广播系统循环广播及电子显示屏实时更新航班信息；工作人员则持续做好不正常航班服务保障工作，耐心解答旅客疑问、进行情绪安抚，并为受影响的旅客提供最优改签方案和全额退票选项服务，尽量减少旅客在现场的等待时间。针对特殊旅客，工作人员在现场还提供了优先改签、特殊餐饮等额外关怀。
针对受台风“摩羯”影响的旅客，东航出台了非自愿退改规定——9月5日12:00之前出票的客票，客票中至少含有一段未使用的涉及广东省、广西壮族自治区、海南省、香港、澳门进出港或经停航班（包括东航、上航或其他航空公司航班），且日期在2024年9月5日（含）至2024年9月7日（含）期间的，旅客在9月5日（含）至航班计划起飞时刻前取消订座，所有未使用航段均可按照非自愿规定办理退改手续。
7日，随着“摩羯”逐步远离，东航在海南省、广东省各机场运行也逐步恢复正常。7日中午11时30分，湛江机场完成重要设备维护检查工作，符合适航条件。运行开放后，东航圆满保障MU9679航班（昆明-湛江）降落在湛江机场，并保障MU9680航班（湛江-昆明）出港；MU9680也是台风“摩羯”过境后，湛江机场首个出港航班。在三亚、博鳌机场，东航分别保障FM9537航班（虹桥-三亚）、MU6319航班（浦东-博鳌）降落，这分别是台风“摩羯”过境后，三亚机场、博鳌机场各自的首个运行航班。东航快速有效恢复运行，也有力保障了广大旅客顺畅出行。
