2021年春运于1月28日启动，至3月8日结束，共计40天。南航根据客流变化，精准灵活安排运力，整个春运期间，南航计划执行航班约6万班次，明显低于往年。
当前，国外疫情形势持续蔓延，国内疫情呈零星散发和局部聚集性疫情交织叠加态势，为科学有效地完成疫情防控和春运保障工作，南航在总结去年落实疫情防控举措，实现所有国际国内航班旅客在乘机过程中“零感染”，全体员工在工作岗位上“零感染”工作经验的基础上，继续抓紧抓实抓细各项防控措施，严格飞机清洁消毒工作，做好机上工作人员自身防护和客舱服务管理，防患于未然，阻断客舱内的疫情传播渠道；严格按要求落实旅客实名购票、健康码查验、快速测温、客流引导、佩戴口罩、手部消毒以及机上对号入座等旅客防疫工作。
春运期间，为减少因雨雪冰冻等恶劣天气对航班运行保障的影响，南航已成立专门的春运运行保障工作领导小组，每日召开航班决策协调会，及时发布重要天气信息和恶劣天气预警，增派人手对当日航班班班盯、班班抓，保障旅客春运期间出行顺畅。
为了给旅客提供“无接触”便捷乘机体验，避免人群聚集，除了部分航线有特殊防疫要求外，现在乘坐南航广州始发国内航班的旅客，可在出发前通过南方航空APP、小程序、95539短信等方式提前办理网上值机和选座，到达机场后直接凭借二代身份证过安检和登机，“一证通关”可省去柜台排队等候时间，减少人员接触。从广州出发，有行李托运的旅客，可在H区自助托运行李，快速又便捷。
为了让“亲和精细”的服务理念贯穿于疫情防控常态化的春运中，针对老年、怀孕、抱婴、轮椅等旅客群体出行需求，南航在广州白云机场二号航站楼D20柜台，设立特殊旅客服务柜台，为有需要的特殊旅客提供“健康码”代办代查、人工咨询指引等关爱服务。旅客如对健康申报或目的地防疫要求有疑问的旅客，可随时咨询南航现场工作人员。
南航温馨提示，春运出行客流量相对较大，有出行计划的旅客请至少提前2小时办理值机手续，合理安排到达机场时间，为配合体温检测、填写健康申报信息等防控举措预留充足时间。航班于起飞前45分钟截止办理乘机手续，时间紧急的旅客请前往值班主任柜台办理手续。
