日本国土交通省3日在新闻发布会上对飞机撞击的过程进行了通报。与此同时，相关部门当天已就该事故展开正式调查。
日本国土交通省航空局局长平冈成哲3号在新闻发布会上通报称：“我们的理解是，这架日航飞机是从南面降落在C跑道上的，当事故发生时，海上保安厅的飞机就在跑道上。”
日本国土交通省当天公布了事故发生前机场空管部门与日航客机及海上保安厅飞机的通话记录。记录显示，空管部门在事故发生前并未向海上保安厅飞机下达进入跑道或允许起飞的指令。然而据日本《读卖新闻》3日报道，海上保安厅飞机上唯一幸存下来的机长在向海上保安厅进行的说明中表示，认为当时已经得到了可以进入跑道的指令。为此，日本运输安全委员会等方面将把海上保安厅飞机当时误解了空管人员指令的可能性列入调查范围。
日航方面当天称，在向出事客机机长等了解情况时得知，当时在复述确认来自空管人员的降落许可后，客机进行了降落操作。此外，据称起飞时和航行过程中，这架客机的机体并无异常。
日航前飞行员、航空分析师小林宏之3号分析认为，这起飞机相撞事故可能是人为原因导致。 “通常情况下，一条跑道上不允许两架飞机同时起降。当时日本航空公司的飞机已获得着陆许可，但日本海上保安厅的飞机仍在跑道上，所以我们想知道，为什么海上保安厅的飞机还在跑道上的时候，另一架飞机也获准着陆？我认为可能是机场指挥中心和海上保安厅的飞机之间沟通不畅，或者海上保安厅飞机的飞行员误解了机场指挥中心的指令。所以，我认为这起事故的原因不是因为飞机出现故障，而是人为原因导致的错误。”
日本运输安全委员会派出的6名航空事故调查官，从当地时间2日晚间起在事故现场跑道持续开展机体的确认作业。调查官3日对媒体称，“已回收了海上保安厅飞机的飞行数据记录仪和话音记录器。
日本东京警视厅3日在东京机场警署设立专案组，以涉嫌业务上过失致人死伤为方向，对事故现场跑道展开调查取证。东京消防厅也在当天为锁定起火原因，调查了两架飞机。
受飞机相撞事故影响，截至当地时间3号晚8点，包括羽田机场在内的日本各机场，当天共取消超过200架次航班。此外，各地机场也都出现了航班延误的状况。由于正值日本元旦假期返程高峰，大量旅客出行受到影响。此外，日航公司已于3号宣布，计划取消4号的63架次国内航班。全日空方面也表示部分4号的航班或将取消或延误。
